O genjutsu manipula chakra para atingir o sistema nervoso do adversário, confundindo e enganando os cinco sentidos (paladar, olfato, visão, audição e tato) para criar ilusões. Apesar de parecer ser simples, genjutsus podem ser agressivos o bastante para paralisar um shinobi experiente e deixá-lo em estado de choque, vulnerável a ataque ou permitindo fuga.
Mesmo o mais simples dos genjutsus exige que o usuário tenha boa manipulação de chakra e seja inteligente o suficiente para saber usar esse tipo de técnica numa batalha. Da mesma forma, um ninja precisa ter uma capacidade intelectual razoável para conseguir reconhecer e desfazer um genjutsu; ou, no caso do clã Uchiha, ter o Sharingan desenvolvido e ativado. No entanto, tudo depende do nível da técnica utilizada.
Como o genjutsu usa o chakra da vítima contra ela mesma, a forma mais comum de cancelar seu efeito é interrompendo o fluxo natural de chakra, através do Kai. Se isso não funcionar, a dor intensa consegue acabar o efeito da ilusão, ou alguém livre do genjutsu pode inserir seu próprio chakra no fluxo da vítima para interromper a técnica. Dentre os genjutsus, se destacam os usados por Sharingan e o Mangekyou Sharingan.